Các khu hệ cá chính được hình thành ở Pù Mát có quan hệ đồng nhất với sông Hồng và sông Mê Kông. Cá nằm trong hệ thống sông Hồng là một nhóm riêng biệt, giống với nhóm phân bố ở các sông nằm ở vùng Đông Nam của Trung Quốc (cá Bọp, cá Lấu, cá Mát, cá Chiệc, cá Bướm be,…), trong khi đó khu hệ cá của sông Mê Kông có phân bố ở phần lớn các vùng của lục địa Đông Nam Á (cá Mọm, cá Ghé, cá Chiên suối,…). Mặc dù không thực sự có nhiều loài, vùng trung lưu, thượng lưu và các vùng nước chảy xiết có tỷ lệ đặc hữu cao. Các loài này thường có các giác bám chuyên hoá và cơ thể dẹt là các đặc điểm thích nghi với nước chảy xiết như các loài cá Bám đá Vây bằng Vanmanenia, Balitoria, cá Chiên suối Glyptothorax, và cá Chiên thác Oreoglanis.
Cá Mát
Cá Mát phân bố đều khắp các Khe lớn tại VQG Pù Mát như Khe Khặng – sông Giăng, Khe Choăng, và Khe Thơi. Cá chủ yếu tập trung sinh sống tại các dòng thác có nước chảy thường xuyên, có độ trong lớn. Rất ít khi bắt gặp cá sống nơi nước tù. Các dòng chảy này có vận tốc khác nhau từ chảy nhẹ đến dòng nước quần xoáy. Nền đáy là đá có nhiều rong rêu bám. Có hai loại cá Mát ở VQG Pù Mát, là Mát Việt Onychostoma lepturum và cá Mọm hay Mát Lào Scaphiodonichthys acanthopterus. Sở dĩ có tên gọi như vậy vì cá Mát Việt được phân tán từ sông Hồng đến, còn cá Mát Lào thì được phân tán từ sông Mê Kông qua từ cách đây hàng triệu năm về trước. Hai loài này khá giống nhau, chỉ khác là loài cá Mọm có miệng rộng hơn loài cá Mát Việt. Hơn nữa loài S. acanthopterus có vây lưng dài hơn. Tại các Khe, hai loài cá này bắt gặp với tỷ lệ tương đương. Lưng cá Mát có màu xám, bụng màu trắng bạc. Khi cá bơi nghiêng mình dưới nước tìm mồi trong các khe đá rất dễ phát hiện vì chúng lấp lánh màu ánh bạc.
Cá Mát kiếm ăn nơi dòng nước chảy, chúng ăn thiên về thực vật, rất ít động vật. Chính vì ăn thực vật nên ruột cá Mát rất dài. Cá Mát thường rỉa các loài rong tảo bám trên đá và hay xoay mình khi bắt mồi trong các kẻ đá. Vào những ngày trời nắng, khi nước có độ trong lớn rất dễ nhìn thấy cá Mát đi kiếm ăn. Chúng thường đi từng đàn, liết mình lấp lánh dưới mặt nước. Vào mùa sinh sản, khi trời mưa phùn, có nhiều sương mù, nhiệt độ xuống thấp thì cá bắt đầu đẻ. Từ các bãi đẻ trứng nở ra cá con trôi về các dòng sông suối và sinh trưởng phát triển ở những thủy vực nhất định. Các sông suối miền núi chảy qua các vùng có độ cao thấp khác nhau tạo nên ghềnh thác. Chính các ghềnh thác ở Pù Mát là điều kiện môi trường sống lý tưởng cho cá Mát sinh sản.
Cá Lệch
Cá Lệch (Chình bông) Anguilla marmorata trong lịch sử là loài cá được tìm thấy ở tất cả các lưu vực sông Cả bao gồm các Khe chảy từ VQG Pù Mát. Cá Lệch có khả năng sống ở nhiều môi trường sống hơn bất kỳ loài cá nước ngọt nào và có thể được tìm thấy ở vùng biển ven bờ, cửa sông, và sông hồ. Leptocephali (ấu trùng đầu dẹp) của cá Lệch được di chuyển bằng dòng hải lưu từ các địa điểm sinh sản ở biển Đông. Tám đến mười hai tháng sau khi sinh sản, leptocephali bắt đầu biến thái thành cá Lệch thủy tinh (trong suốt) khi chúng tiếp cận các cửa sông và các vùng thủy triều sông Lam. Cá Lệch thủy tinh có thể chịu đựng được độ mặn rộng và bắt đầu hình thành sắc tố ngay khi đến vùng nước ven biển. Lệch con phát triển thành giai đoạn Lệch vàng, có thể tồn tại ở bất cứ đâu từ ba đến 25 năm trở lên trong các khe của VQG Pù Mát. Cuối cùng, cá Lệch vàng biến thái một lần nữa để trở thành cá Lệch bông, trước khi trở lại biển Đông để hoàn thành vòng đời của chúng.
Cá Bậu và Chạch suối
Các loài cá này thuộc các giống Garra, Ageneiogarra, Vanmanenia, Cobitis, Traccatichthys, và Schistura. Chúng thích nghi cao độ với đời sống ở các con suối nước ngọt chảy nhanh và xiết cũng như thác. Thân và đầu dẹt, miệng, vây ngực và vây bụng đã được biến đổi rất nhiều thành các cơ quan bám giống như đĩa ở phía dưới thân để giúp chúng bám vào bề mặt nằm ngang và dựng đứng của đá và sỏi trong môi trường sống khó khăn này. Các loài cá này hoạt động vào ban ngày, nấp và kiếm mồi là các động vật không xương sống sống trong nước ở giữa nền sỏi và mảnh vỡ ở đáy sông. Ở Khe Kèm, cá rất tự nhiên hay rỉa chân các du khách tạo cảm giác thích thú.
Thái Bá Thám
Văn phòng Ban Quản lý